Největší frakcí Shotokan Karate je Japan Karate Association (JKA). Styl JKA je cvičen po celém světě ve více než 20 různých směrech. Původně největší organizace karate na planetě posílala své vysoce trénované instruktory po celém světě a ti tak šířili toto pojetí karate prakticky v každé civilizované zemi. Díky rivalitě a politickému manévrování však JKA nakonec zkolabovala se smrtí šéfinstruktora Masatoshi Nakayami v roce 1987. Od té doby se objevilo nespočet organizací, všechny používající ve větší či menší míře styl JKA, žádná z nich však s takovým politickým vlivem a mocí jako původní JKA.

V Tokyu stále sídlí vedení JKA, které je však již jen svým vlastním stínem. Většina vynikajících instruktorů odešla z Japonska nebo opustila organizaci a založila svou vlastní. JKA je dnes spíše označením pro styl než organizací. Skupina, která si říká dnes JKA nemá už žádný monopol na tento styl Shotokanu.

Experti JKA praktikují 26 kata: Heian, Tekki, Bassai Dai, Kanku Dai, Enpi, Jion, Gankaku, Hangetsu, Jutte, Jiin, Chinte, Bassai Sho, Kanku Sho, Nijushiho, Unsu, Sochin, Gojushiho Dai, Gojushiho Sho, Meikyo a Wankan.

Styl JKA je typický vzpřípenými postoji a způsobem, jakým cvičenci drží při úderu ramena rovně. Postoje vyžadují takové snížení těžiště, že cvičenec je maximálně na 75% své výšky.